bioinformatics







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Servicios


  1. Descripción de servicios brindados por la Unidad
  2. Solicitud de Servicio y costos
  3. Reglamento y manual operativo de la UUAB
  4. Diagrama de Flujo nuestros servicios

Servicios


SERVICIO
MÉTODO O PROGRAMA
PRODUCTO A ENTREGAR

Análisis de Calidad(QC) de las secuencias

FastQC
  • Revisión de contaminantes en el proceso de secuenciación
  • Gráficas de calidad por base y por lecturas
  • % de GC por base y por lectura
  • % de secuencias sobrerepresentadas
  • Archivos de Secuencias en formato Fastq



Alineamiento de secuencias vs. un genoma de Referencia

Con alguno de los siguientes:

  • SMALT

  • BOWTIE

  • BWA

  • TOPHAT

  • SAMTOOLS

  • PICARD

  • Archivos de Secuencias en formato BAM

  • Remosión de Duplicados

  • Estadísticas de Mapeo

Ensamble de genomas guiados por referencia
  • BINNING UTILIZANDO LOS DATOS DE ALINEAMIENTO

  • SECUENCIA CONSENSO USANDO SAMTOOLS

  • LECTURAS EXTRAIDAS DEL ALINEAMIENTO PARA PROGRAMAS DE ENSAMBLE:

    •    VELVET/COLUMBUS

    •    ABYSS

    •    SOAPdenovo

    •    SPADES

    •    SGA

  • Archivos en formato fasta con Contigs y/o SCAFFOLDS

  •   Estadísticas de Ensamble

Ensamble de transcriptomas guiados por referencia
  • CUFFLINKS

  • Archivos en formato fasta con transcritos reconstruidos

Ensable de novo de Genomas
  • VELVET

  • ABYSS

  • SOAP de novo

  • SPADES

  • SGA

  • Archivos en formato fasta con CONTIGS y/o SCAFFOLDS

  • Estadísticas de ensamble

Ensamble de novo de transcriptomas
  • TRINITY

  • VELVET/OASES

  • Archivos en formato fasta con transcritos reconstruidos

Mejoramiento automatizado de ensamble de Genomas (con referencia)
  • PIPELINE PAGIT:
    ABACAS
    IMAGE/GAP FILLER

    iCORN
    RATT
    REAPR

  • Archivos con distintos formatoos contenidendo los resultados de:

    •   ORIENTACIÓN DEL ENSAMBLADO CON RESPECTO A LA REFERENCIA
        RELLENADO DE GAPS
        CORRECCIÓN DE ERRORES
        ANOTACIÓN AUTOMÁTICA DE GENES
        REVISIÓN DE ERRORES DE ENSAMBLE

Análisis de expresión diferencial (con genoma de referencia anotada)
  •   NOISEQ (con replicas y sin replicas)

  •   EDGER (con replicas y sin replicas)

  •   DESEQ (replicas obligatorias)

  • LISTA DE GENES CON ABUNDANCIA DE TRANSCRITOS

  • LISTA DE GENES DIFERENCIALMENTE EXPRESADOS

Análisis de expresión diferencial (sin referencia o sin anotación)
  • CUFFLINKS/CUFFDIFF (Con referencia sin anotación)

  • TRINITY (Sin referencia sin anotación)

  • LISTA DE TRANSCRITOS RECONSTRUIDOS Y SU ABUNDANCIA

  • LISTA DE TRANSCRITOS RECONSTRUIDOS DIFERENCIALMENTE EXPRESADOS  

Predicción y Anotación de Genes
  • PIPELINE MAKER

Genes anotados en formato GFF
Anotación de transcritos
  • PIPELINE TRINOTATE

Lista de transcritos anotados


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Solicitud y Costo de los Servicios

Para solicitar asesoría acerca de un servicio bioinformático, puede ponerse en contacto con el Dr. Alejandro Sanchez (E-mail: alexsf @ibt.unam.mx)
Para solicitar una cita o servicio de los encontrados en la lista, se utilizará el sistema de tickets de la UUAB. La solicitud es en formato libre enviando un correo a la dirección uuabsupport @ibt.unam.mx, indicando la siguiente información:
Ubicación y formato de los datos.
Descripción del modelo y experimento.
Servicio deseado.
Información adicional relevante.

Para los usuarios de la UUSMD con proyectos vigentes, el servicio básico estará incluido sin costo alguno. El tipo de servicio dependerá del tipo de proyecto registrado en la UUSMD.
Para los usuarios que soliciten alguno de los servicios básicos, se cobrará por hora de procesamiento como de “hora -hombre” con las siguientes tarifas:
Tarifa: 500 pesos / hora + IVA
IMPORTANTE: Academicos de la UNAM y de otras instituciones sin fines de lucro, pregunte por nuestros descuentos

Costo por proyecto: Si el usuario solicita algún servicio fuera de los servicios básicos, se discutirá con el jefe de la unidad, la implementación o desarrollo de soluciones ad-hoc para su proyecto, en el cual se acordará el costo dependiendo de la complejidad, duración y recursos necesarios para llevarlo a cabo.
Revise nuestro reglamento para ver las condiciones y/o costos de nuestros servicios.

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Reglamento y Manual Operativo de la UUAB

Las condiciones que rigen la forma de brindar los servicios estan descritras en el Reglamento de la UUAB y el Manual Opertivo de la misma

Revise a detalle el Reglamento Operativo y el Manual Operativo

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Diagrama de Servicios

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