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Objetivos
Contenido
Temario
Audiencia
Fechas
Horarios
Costos
Pagos
Lugar
Solicitud de inscripción
Calendario


Recepción de solicitudes


Del 1 de Junio al 29 de Julio.de 2016, sujeto a disponibilidad, via la Solicitud de inscripción







Introducción al manejo y análisis de datos de secuenciación Masiva de ADN.




Objetivo


Este curso de nivel introductorio, proporcionará a los participantes los conceptos y habilidades básicos para el uso, manejo y análisis primario de datos de secuenciación Masiva de ADN.

Contenido:


Iniciamos con un módulo de UNIX, donde revisaremos los comandos básicos para manejo y manipulación de archivos trabajando en un ambiente de línea de comandos (no interfaz gráfica). Continuamos con la revisión de las Ășltimas tecnologías de secuenciación Masiva de ADN, sus aplicaciones, ventajas, desventajas, eficiencia y costos. Revisaremos el flujo de trabajo de un análisis de datos primario, revisando los principales formatos. Aprenderemos a generar e interpretar gráficas que aseguren la calidad y limpieza de los datos. Aprenderemos a usar SAMtools y BamTools para manipular archivos en formato FASTQ, SAM o BAM. Finalizaremos analizando algunos programas de alineamiento de secuencias.

Temario:


  1. Módulo 1.  Introducción a las tecnologías de Secuenciación Masiva de ADN
  2. Módulo 2.  Introducción a UNIX/LINUX.
      • - Comando básicos
      • - Manipulación archivos
      • - manejo de directorios
  3. Módulo 3.  Introducción al Análisis Primario:
      • - Formatos FASTQ, SAM, BAM, CRAM, VCF
      • - Evaluación de la calidad
      • - Limpieza de datos
  4. Módulo 4.  Alineamiento de secuencias cortas vs. genoma de referencia
      • - uso de  Samtools
      • - uso Bamtools
      • - Alineamiento de secuencias cortas vs. genomas de referencia;

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Dirigido a:


Audiencia con conocimientos de biología y conocimientos o interés en biología molecular, genomica y bioinformática. Se extenderá constancia de participación a los asistentes, que hayan concluido su proceso de inscripción, realizado su pago y tengan al menos 80% de asistencia. No es necesario que traigan computadora, ya que el curso se imparte en las terminales de la licenciatura conectadas a nuestro propio servidor, donde ya estan instalados todos los paquetes y programa que revisaremos. El manual del curso se podrá entegrar impreso o digital.

Fechas del curso:


Del Martes 2 al viernes 5 de Agosto de 2016

Horario:


De 10 a 2:00 y de 3:00 a 6:00

Costo:


$2,800.00 pesos publico en general, $2,000.00 estudiantes. Si requiere factura, favor de presentar sus datos fiscales.

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Modo de Pago:


Depósito en Bancomer con ficha referenciada que será entregada por nosotros vía email, solo a los aceptados. En caso de no ser aceptado, se hará una lista de espera en caso de alguna cancelación. Por lo tanto requerimos su confirmación después de su aceptación para generar la ficha. Por favor, en caso de cancelaciones, avisar con anticipación para liberar el lugar.
En caso de realizar el pago con algĂșn recurso dentro de la UNAM, solicitar la cotización vía email.

Lugar:


Aulas de la Licenciatura de Ciencias Genómicas de la UNAM. Cuernavaca, Campus Morelos. mapa

Recepción de solicitudes


Del 1 de Junio al 29 de Julio.de 2016, sujeto a disponibilidad, via la Solicitud de inscripción

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Programa


Martes 2


HORARIO
TEMA
PONENTE
9:00 a 9:30 Registro de participantes. Entrega de Material
9:30 a 9:45 Presentación del curso. Módulos y profesores. Horarios Alejandro Sánchez
9:45 a 10:45 Módulo 1. Introducción a las Metodologías de secuenciación Masiva Alejandro Sánchez
10:45 a 11:50 Módulo 2. Introducción a Linux Jerôme Verleyen
11:50 a 12:05 Receso para café
12:05 a 2:00 Módulo 2. Introducción a Unix Jerôme Verleyen
2:00 a 3:00 Comida
3:00 a 5:00 Módulo 2. Introducción a Unix Jerôme Verleyen

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Miércoles 3


HORARIO
TEMA
PONENTE
10:00 a 11:50 Módulo 2. Introducción a Linux Jerôme Verleyen
11:50 a 12:05 Receso para café
12:05 a 2:00 Módulo 2. Introducción a Unix Jerôme Verleyen
2:00 a 3:00 Comida
3:00 a 5:00 Módulo 2. Introducción a Unix Jerôme Verleyen

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Jueves 4


HORARIO
TEMA
PONENTE
10:00 a 11:50 Módulo 3: Introducción a las Metodologías de secuenciación Masiva Verónica Jiménez Jacinto
11:50 a 12:05 Receso para café
12:05 a 2:00 Módulo 3: Introducción al Análisis Primario Verónica Jiménez Jacinto
2:00 a 3:00 Comida
3:00 a 5:00 Modulo 3: Introducción al Análisis Primario Verónica Jiménez Jacinto

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Viernes 5


HORARIO
TEMA
PONENTE
10:00 a 11:50 Módulo 4: Alineamientos y Uso de SAMTools y BamTools Karel Estrada
11:50 a 12:05 Receso para café
12:05 a 2:00 Módulo 4: Alineamientos y Uso de SAMTools y BamTools Karel Estrada
2:00 a 3:00 Comida
3:00 a 5:00 Sesión Práctica Final Todos.

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