INDICE


Objetivos
Temario
Participantes
Requerimientos de computo:
Fechas
Horarios
Costos
Instrucciones de Pagos
Solicitud de inscripción
Temario y Agenda (Calendario)
Ponentes
Lugar ¿Como llegar?
Opciones de Hospedaje









Análisis de Datos de Secuenciación Masiva

Nivel Intermedio




Objetivo


El objetivo de este curso es analizar datos de tecnologías de secuenciación masiva, usando software libre, provenientes de proyectos de genomica y transcriptomica.
Este curso es de nivel intermedio y proporcionará a los participantes los conceptos y habilidades necesarios para el uso, manejo y análisis secuendario de datos de secuenciación Masiva, y los participantes podran elegir el curso 1, orientado a ensamble de genomas de novo ó el curso 2, orientado a transcriptomas de novo.


Temario


Se impartiran 2 cursos simultaneos con un tema a elegir (no se podran tomar los dos al mismo tiempo):

Tronco Común

Introduccion a la genomica y transcriptomica

Repaso de Linux, bash y awk

NCBI y bases de datos biologicos
curso de ensamble y anotacion de genomas:

Introduccion al ensamblado de genomas

Herramientas para ensamblado de genomas de novo

Evaluación de ensambles

Alineamiento de secuencias cortas

Prediccion de genes y anotacion
curso transcriptoma:

Introduccion al lenguaje de programacion de R

Ensamble y cuantificacion de la expresión en transcriptoma de novo (Trinity)

Anotacion de transcriptoma con Trinotate

Expresion diferencial

Participantes:


Audiencia que haya cursado nuestro curso introductorio ó bien, aquellos con conocimientos básicos de unix/linux o trabajo en linea de commandos y manejo de formatos y herramientas básicas de Secuenciación Masiva.

Se extenderá constancia de participación a los asistentes, que hayan concluido su proceso de inscripción, realizado su pago y tengan al menos 80% de asistencia.


Requerimientos de cómputo


El curso se imparte en la aulas de la licenciatura en ciencias genomicas, que cuentan con 40 terminales conectadas a un nodo de nuestro cluster, donde todo el software se encuentra ya instalado, así como los ejercicios con los que trabajaremos, por lo que no es obligado que traigas computadora.

Pueden traer sus ipad, o computaras personales o celulares para ir siguiendo el material, pero no es necesario, porque pretendemos tener impresos los manuales del curso.


Fechas:


Del Miércoles 11 al viernes 13 de Enero de 2017

Horario:


De 10:00 a 18:00 hrs. (8 horas diarias)


Costo:


$2,950.00 pesos publico en general, $2,150.00 estudiantes (se requiere cualquier documento que acredite como estudiante). Si requiere factura, favor de presentar sus datos fiscales.

Modo de Pago:


Depósito en Bancomer con ficha referenciada que será entregada por nosotros vía email, solo a los aceptados. En caso de no ser aceptado, se hará una lista de espera en caso de alguna cancelación.
Por lo tanto requerimos su confirmación después de su aceptación para generar la ficha. Por favor, en caso de cancelaciones, avisar con anticipación para liberar el lugar.
En caso de realizar el pago con algún recurso dentro de la UNAM, solicitar la cotización vía email.

Recepción de solicitudes


Del 10 de Noviembre al 6 de Enero de 2016, sujeto a disponibilidad, via la Solicitud de inscripción


Indice


Agenda


Día 1. Miércoles 11 de Enero 2017. Introducción a la Genómica y transcriptómica


HORARIO
TEMA
PONENTE
9:00 a 9:45 Registro de participantes. Entrega de Material
9:45 a 10:00 Presentación del curso. Módulos y profesores. Horarios Alejandro Sánchez
10:10 a 10:30 Módulo 1. Introducción a la Genómica y la transcriptómica Alejandro Sánchez
10:30 a 12:15 Módulo 2. Linux, bash, awk Jérôme Verleyen
12:15 a 12:30 Receso para café
12:30 a 14:30 Módulo 2. Linux, bash, awk Jérôme Verleyen
14:30 a 15:30 Comida
15:30 a 18:00 Módulo 3. NCBI y bases de datos Biológicas Jérôme Verleyen

Indice



Dia2. Jueves 12 de Enero.


HORARIO

curso 1. Genómica

curso 2. Transcriptómica

TEMA
PONENTE
TEMA
PONENTE
10:00 a 12:15 Módulo 4. Introducción a los conceptos básios de recontruccción de secuencias

  -OLC

  -Gráficas de De Bruijin

Alejandro Sánchez Módulo 9. Introducción a R

Leticia Vega
12:15 a 12:30 Receso para café
12:30 a 14:30

Módulo 5. Herramientas para llevar a cabo ensamblado de genomas de novo con lecturas cortas y lecturas largas

Karel Estrada

Módulo 10: Ensamble y Expresión Diferencial en transcriptoma de Novo (trinity)

Verónica Jiménez Jacinto
14:30 a 15:30 Comida
15:30 a 18:00 Mejoramiento del ensamble Karel Estrada Módulo 11. Anotación de transcriptoma de Novo Verónica Jiménez Jacinto

Indice



Dia 3. Viernes 13 de Enero.


HORARIO

curso1.Genómica

curso2. transcriptómica

TEMA
PONENTE
TEMA
PONENTE
10:00 a 12:15 Modulo 6: Evaluación de Ensambles (ABACAS, MAUVE) Myrna Olvera Módulo 11. Anotación de transcriptoma de Novo Verónica Jiménez Jacinto
12:15 a 12:30 Receso para café
12:30 a 14:30 Módulo 7: MIRA con y sin genoma de referencia Karel Estrada Módulo 12: Expresión Diferencial Leticia Vega
14:30 a 15:30 Comida
15:30 a 18:00 Modulo 8. Predicción de Genes y anotación Karel Estrada Módulo 12: Expresión Diferencial Leticia Vega

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Ponentes


Durante los siguientes 3 días, fungiremos como sus profesores:
Dr. Alejandro Sánchez.

Es Licenciado en Investigación Biomédica Básica por el IIB-UNAM, obtuvo el Doctorado en Ciencias Bioquímicas en el IBT-UNAM con especialidad en Bioinformática. Realizó una estancia postdoctoral en el proyecto del genoma de Taenia solium. Después, realizó otra estancia postdoctoral en el Wellcome Trust Sanger Insitute, Cambridge, UK (2009-2011). A partir de 2011, funge como encargado de la Unidad Universitaria de Apoyo Bioinformático (UUAB). A partir de 2013 es el encargado de la Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva de DNA (UUSMD. Ambas de la UNAM. A partir de este año, con la fusión de ambas unidades, ahora es el encargado de la Unidad de Secuenciación Masiva y Bioinformática (USMB). Su "expertise" es en Bioinformática aplicada a diferentes áreas que van desde la predicción de estructura de proteínas, hasta el análisis de genomas, metagenomas y transcriptomas. Como encargado de la USMB y junto con la gente que labora en dicha unidad, asesoramos proyectos diversos que involucran problemáticas muy diferentes como el análisis de expresión diferencial, riqueza de microorganismos en muestras complejas, caracterización de nuevos genomas, por mencionar algunos.


M. en C. Jérôme Verleyen

Realizó sus estudios de Ingeniero en Electrónica, y posteriormente de maestría Microelectrónica y tratamiento de señales en el Instituto Nacional de Ciencias Aplicadas (INSA) de Toulouse, Francia. Desde el 2002 trabaja como responsable del cluster de cálculo de la Licenciatura en Ciencias Genómicas de la UNAM, donde ha participado de manera activa en diferentes proyectos relacionados con la Bioinformática. En este sentido, es responsable de la base de datos del nodo Nacional de Bioinformática (NNB). En el año 2013 se integró a la Unidad Universitaria de Apoyo Bioinformático (UUAB) de la UNAM donde participa en proyectos relacionados con el estudio de variantes genéticas en plantas, y estudios de comparación en el desempeño de algunos alineadores de secuencias pequeñas.


Lic. Karel Estrada

Lic. en Matemáticas por la Universidad de la Habana. Durante los ultimo años se ha dedicado a ofrecer soluciones a problemas de bioinformática. A participado en la implementación de software existente o el desarrollo de nuevas herramientas bioinformáticas. Actualmente enfocado en proyectos que se centran en el análisis de datos de NGS, como la implementación de estrategias para armado de Genomas, la predicción de genes, anotación y análisis de expresión diferencial. Tuvo una destacada participación en el proyecto del genoma de Taenia solium. De 2011 a la fecha ha colaborado con la Unidad Universitaria de Apoyo Bioinformático. Su otro interés son los Videojuegos.


Dra. Leticia Vega Alvarado

Es Licenciada en Matemáticas Aplicadas y Computación por la UNAM, y M. en C. Con especialidad en Reconocimiento de patrones por el CINVESTAV del IPN. Realizó una estancia en el instituto de Cibernética, Matemática y Física de la academia de Ciencias de Cuba. Realizó su doctorado en Computación el IIMAS. Realizó su posdoc en Francia. Lleva 18 años adscrita al Centro de Ciencias aplicadas y Desarrollo Tecnólogico de la UNAM. Durante los últimos 3 años colabora con la Unidad de Apoyo Bioinformático.


M. en C. Verónica Jiménez Jacinto

Es Licenciada en Matemáticas Aplicadas y Computación por la UNAM, y M. en C. Con especialidad en Reconocimiento de patrones por el CINVESTAV del IPN. Realizó una estancia en el instituto de Cibernética, Matemática y Física de la academia de Ciencias de Cuba. Colaboró durante 7 años con la base de datos de regulondb, y con la secuenciación de Rhizobium etli (Primer organismo secuenciado en México). Desde el verano de 2009 colabora en la Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva de ADN, como encargada del análisis de Calidad de los datos. A partir de 2011 apoya además a la Unidad Universitaria de Apoyo Bioinformático, donde ha participado principalmente en proyectos de expresión diferencial.


Lugar ¿Como llegar?

Rutas de Acceso al Centro de ciencias Genómicas de la UNAM

El curso se llevará a cado en el aula 4 del edificio de la licenciatura en Ciencias Genómicas, que se encuentra dentro de las instalaciones del Centro de Ciencias Genómicas, que a su vez está localizado en el Campus Morelos de la UNAM, en el norte de la ciudad de Cuernavaca, dentro del campus chamilpa de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos. Mapa

Para llegar en Carro:

Desde la Cd. De Mex: Tomando la autopista México-Acapulco al sur de la ciudad de México (aproximadamente a 1 hora). El costo de la caseta es de $70.00 pesos. ruta

Por Autobus:

1. Desde la terminal de Autobuses del sur Taxqueña en la ciudad de México: Puedes tomar un autobus a la “terminal la selva” y puedes pedir al chofer que te baje en la glorieta de la paz. El viaje dura aproximadamente 1:20 minutos de terminal a terminal. En la glorieta puedes tomar un taxi hacia la Universidad (El costo debe ser de $40 pesos aproximadamente) Existe un servicio publico (conocida por los locales como “ruta 13”) que pasa frente a la terminal de autobuses la selva, y que pasa luego por la glorieta de la paloma para llegar finalmente a la universidad con un costo de 6.50 por persona.

2. Desde el aerpuerto de la ciudad de México: Hay una corrida de autobuses de Pullman de Morelos que por $230 pesos, te lleva a la terminal de la selva en Cuernavaca. Frente a la terminal puedes tomar la ruta 13 hacia la Universidad o un taxi que te debe cobrar alrededor de $40 pesos.


Opciones de hospedaje

Las opciones de hospedaje estan en orden de menor a mayor precio y de menor a mayor distancia:

La opción mas cercana de hospedaje, se encuentra frente a la barda de la UNI (universidad Autónoma del estado de Morelos) Es un hotelito sencillo, puedes llegar en 15 o 20 minutos de caminata a las instalaciones de ccg, y el precio varia de $350.00, habitacion sencilla, $500.00 habitacion doble con cocineta y $1200 pesos departamente para 4 personas. Si contratas la habitacion de 500 o el de 1200, y mencionas que vienes al curso de la Universidad, te incluyen el desayuno gratis. vistauniversidad.com

Otra opción muy económica (es un hostal con un deliciosos desayuno incluido, limpio, y muy agradable) El precio es alrededor de 250 pesos por persona. Y esta a unos 15 minutos en auto: villas Calmecac

Una opción con una hermosa vista de la ciudad y a 15 min en auto es GS hoteles.. www.gshoteles.com.mx

Un precioso hotel rodeado de agradables jardines, a unos 20 minutos en auto es www.posadatlaltenango.com.mx

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