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Objetivos
Participantes
Fechas
Horarios
Costos
Pagos
Lugar
Solicitud de inscripción
Calendario
Ponentes









Análisis de Datos de Secuenciación Masiva

Nivel Intermedio




Objetivo


El objetivo de este curso es analizar datos de tecnologías de secuenciación masiva, usando software libre, provenientes de proyectos de genomica y transcriptomica.
Este curso es de nivel intermedio y proporcionará a los participantes los conceptos y habilidades necesarios para el uso, manejo y análisis secuendario de datos de secuenciación Masiva de ADN, orientados a ensamble de genomas y transcriptomas.



Participantes:


Audiencia que haya cursado nuestro curso introductorio ó bien, aquellos con conocimientos básicos de unix/linux o trabajo en linea de commandos y manejo de formatos y herramientas básicas de Secuenciación Masiva.

Se extenderá constancia de participación a los asistentes, que hayan concluido su proceso de inscripción, realizado su pago y tengan al menos 80% de asistencia.

Fechas:


Del Lunes 8 al viernes 12 de Febrero de 2016

Horario:


De 10 a 14:00 y de 15:30 a 6:00

Costo:


2,200 pesos publico en general, 1,800 estudiantes. Si requiere factura, favor de presentar sus datos fiscales.


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Modo de Pago:


Depósito en Bancomer con ficha referenciada que será entregada por nosotros vía email, solo a los aceptados. En caso de no ser aceptado, se hará una lista de espera en caso de alguna cancelación.
Por lo tanto requerimos su confirmación después de su aceptación para generar la ficha. Por favor, en caso de cancelaciones, avisar con anticipación para liberar el lugar.
En caso de realizar el pago con algún recurso dentro de la UNAM, solicitar la cotización vía email.

Lugar:


Aulas de la Licenciatura de Ciencias Genómicas de la UNAM. Cuernavaca, Campus Morelos. mapa

Recepción de solicitudes


Del 8 de Diciembre al 6 de febrero de 2016, sujeto a disponibilidad, via la Solicitud de inscripción


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Programa


Lunes 8 de Febrero. Día 1. Introducción a la Genómica y transcriptómica


HORARIO
TEMA
PONENTE
9:00 a 10:00 Registro de participantes. Entrega de Material
10:00 a 10:15 Presentación del curso. Módulos y profesores. Horarios Alejandro Sánchez
10:15 a 11:00 Módulo 1. Introducción a la Genómica y la transcriptómica Alejandro Sánchez
11:00 a 11:50 Módulo 2. Repaso de Unix Jérôme Verleyen
11:50 a 12:05 Receso para café
12:05 a 14:00 Módulo 2. Repaso de Unix Jérôme Verleyen
14:00 a 15:30 Comida
15:30 a 17:30 Módulo 3. Bash y awk Jérôme Verleyen

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Martes 9 de Febrero. Introdución a los conceptos b´sicos de reconstrucción de secuencias


HORARIO
TEMA
PONENTE
10:00 a 11:50 Módulo 3. NCBI y bases de datos biológicas Jérôme Verleyen
11:50 a 12:05 Receso para café
12:05 a 14:00

Módulo 4. Introducción a los conceptos b´scios de recontruccción de secuencias

  -OLC

  -Gráficas de De Bruijin

alejandro Sánchez
14:00 a 15:30 Comida
15:30 a 17:30 Módulo 5. Herramientas para llevar a cabo ensamblado de genomas de novo con lecturas cortas y lecturas largas Karel Estrada

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Miércoles 10 de Febrero. Genómica y transcriptómica


HORARIO
TEMA
PONENTE
10:00 a 11:50 Módulo 6: Alineamiento usando bwa y bowtie de DNA y RNA Karel Estrada
11:50 a 12:05 Receso para café
12:05 a 14:00 Módulo 7: MIRA con y sin genoma de referencia Karel Estrada
14:00 a 15:30 Comida
15:30 a 17:30 Modulo 8: Evaluación de Ensambles (Estadísticas, Alineamiento vs un genoma cercano, ABACAS, MAUVE) Alejandro Sánchez

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Jueves 11 de febrero. Transcriptómica


HORARIO
TEMA
PONENTE
10:00 a 11:50 Módulo 9: Ensamble y Expresión Diferencial en transcriptoma de Novo (trinity) Verónica Jiménez
11:50 a 12:05 Receso para café
12:05 a 14:00 Módulo 10: Introduccion a R Leticia Vega
14:00 a 15:30 Comida
17:30 a 17:30 Modulo 11. Bedtools, RSEM, express Verónica Jiménez

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Viernes 12 de febrero. Transcriptómica


HORARIO
TEMA
PONENTE
10:00 a 11:50 Módulo 12: Expresión Diferencial Leticia Vega
11:50 a 12:05 Receso para café
12:05 a 14:00 Módulo 12: Expresión Diferencial Leticia Vega
14:00 a 17:00 Convivio de Cierre

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Ponentes


Durante los siguientes 4 días, fungiremos como sus profesores:
Dr. Alejandro Sánchez.

Es Licenciado en Investigación Biomédica Básica por el IIB-UNAM, obtuvo el Doctorado en Ciencias Bioquímicas en el IBT-UNAM con especialidad en Bioinformática. Realizó una estancia postdoctoral en el proyecto del genoma de Taenia solium. Después, realizó otra estancia postdoctoral en el Wellcome Trust Sanger Insitute, Cambridge, UK (2009-2011). A partir de 2011, funge como encargado de la Unidad Universitaria de Apoyo Bioinformático (UUAB). A partir de 2013 es el encargado de la Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva de DNA (UUSMD. Ambas de la UNAM. A partir de este año, con la fusión de ambas unidades, ahora es el encargado de la Unidad de Secuenciación Masiva y Bioinformática (USMB). Su "expertise" es en Bioinformática aplicada a diferentes áreas que van desde la predicción de estructura de proteínas, hasta el análisis de genomas, metagenomas y transcriptomas. Como encargado de la USMB y junto con la gente que labora en dicha unidad, asesoramos proyectos diversos que involucran problemáticas muy diferentes como el análisis de expresión diferencial, riqueza de microorganismos en muestras complejas, caracterización de nuevos genomas, por mencionar algunos.


M. en C. Jérôme Verleyen

Realizó sus estudios de Ingeniero en Electrónica, y posteriormente de maestría Microelectrónica y tratamiento de señales en el Instituto Nacional de Ciencias Aplicadas (INSA) de Toulouse, Francia. Desde el 2002 trabaja como responsable del cluster de cálculo de la Licenciatura en Ciencias Genómicas de la UNAM, donde ha participado de manera activa en diferentes proyectos relacionados con la Bioinformática. En este sentido, es responsable de la base de datos del nodo Nacional de Bioinformática (NNB). En el año 2013 se integró a la Unidad Universitaria de Apoyo Bioinformático (UUAB) de la UNAM donde participa en proyectos relacionados con el estudio de variantes genéticas en plantas, y estudios de comparación en el desempeño de algunos alineadores de secuencias pequeñas.


Lic. Karel Estrada

Lic. en Matemáticas por la Universidad de la Habana. Durante los ultimo años se ha dedicado a ofrecer soluciones a problemas de bioinformática. A participado en la implementación de software existente o el desarrollo de nuevas herramientas bioinformáticas. Actualmente enfocado en proyectos que se centran en el análisis de datos de NGS, como la implementación de estrategias para armado de Genomas, la predicción de genes, anotación y análisis de expresión diferencial. Tuvo una destacada participación en el proyecto del genoma de Taenia solium. De 2011 a la fecha ha colaborado con la Unidad Universitaria de Apoyo Bioinformático. Su otro interés son los Videojuegos.


Dra. Leticia Vega Alvarado

Es Licenciada en Matemáticas Aplicadas y Computación por la UNAM, y M. en C. Con especialidad en Reconocimiento de patrones por el CINVESTAV del IPN. Realizó una estancia en el instituto de Cibernética, Matemática y Física de la academia de Ciencias de Cuba. Realizó su doctorado en Computación el IIMAS. Realizó su posdoc en Francia. Lleva 18 años adscrita al Centro de Ciencias aplicadas y Desarrollo Tecnólogico de la UNAM. Durante los últimos 3 años colabora con la Unidad de Apoyo Bioinformático.


M. en C. Verónica Jiménez Jacinto

Es Licenciada en Matemáticas Aplicadas y Computación por la UNAM, y M. en C. Con especialidad en Reconocimiento de patrones por el CINVESTAV del IPN. Realizó una estancia en el instituto de Cibernética, Matemática y Física de la academia de Ciencias de Cuba. Colaboró durante 7 años con la base de datos de regulondb, y con la secuenciación de Rhizobium etli (Primer organismo secuenciado en México). Desde el verano de 2009 colabora en la Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva de ADN, como encargada del análisis de Calidad de los datos. A partir de 2011 apoya además a la Unidad Universitaria de Apoyo Bioinformático, donde ha participado principalmente en proyectos de expresión diferencial.

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